BunBackup の除外フォルダは、「コピーから除外」する機能です。バックアップ元からバックアップ先へコピーする必要がないファイル・フォルダを除外フォルダとして指 定します。ミラーリング機能を使用している場合は、コピーから除外されたファイル・フォルダはバックアップ先に必要ないので削除されます。
BunBackupの「除外フォルダ」は、「削除から除外」する機能ではありませんので注意してください。