ファイル数については、Windowsが使えるメモリに依存します。ソフト的に特に制限を設けていませんが、ファイル数が極端に多い場合は、メモリ不足によりバックアップできない場合があります。
メモリ不足になる場合は、Ver.3.2で追加された「省メモリバックアップ」を使用してください。

コピーできる一つのファイルの最大サイズは、ドライブのファイルシステムに依存します。FATは2Gバイトまで、FAT32は4Gバイトまで、NTFSは2Tバイトまでとなります。