前のバージョンをZIP形式などのアーカイブから手動でインストールした場合は、前回同様アーカイブをダウンロードしてインストールしてください。
手順は以下の通りです。

1. ZIP形式のファイルダウンロードする
2. ファイルを解凍する
3. 解凍したファイルを現在BunBackup.exeがあるフォルダに上書きコピーする

この手順で設定も引き継ぐことができます。

前のバージョンをインストーラーからインストールした場合は、古いソフトをアンインストール後、新しいソフトをインストールしてください。
この方法で設定も引き継ぐことができます。
前のバージョンがVer.3.42以降の場合は、アンインストールせず、そのままインストールしても問題ありません。