フォルダ単位ではなく、ある特定のファイルだけをバックアップしたい場合は、「対象ファイル」を使用してください。
たとえば、「C:\Data\MyData.txt」というファイルだけをバックアップしたい場合は、「バックアップ元フォルダ」を「C:\Data」に し、「サブフォルダもバックアップする」のチェックをはずし、「対象ファイル」に「MyData.txt」を登録してください。

同様のことは、バックアッ プしたいファイルをエクスプローラーやマイコンピュータからBunBackupにドラッグ＆ドロップすることでも可能です。