空フォルダのバックアップは、Ver.2.3からの機能です。それ以前のBunBackupを使用している場合はバージョンアップしてください。

「高速ファイルチェック」機能を使用している場合、速度優先のため空フォルダはバックアップしません。空フォルダのバックアップが必要な場合は、「高速ファイルチェック」機能をオフにしてください。