OSが壊れたことを認識できる場合は、バックアップ元、先のファイルチェック時に、エラーを表示して強制的にバックアップを中断します。
これは壊れたファイルをコピーして上書きしてしまったり、ファイルをコピーしてさらに被害を大きくしないための処置です。

バックアップ元、またはバックアップ先が壊れている可能性があるというメッセージが出た場合は、速やかに各メディアのエラーチェックを行ってください。
なお、メディアが壊れていてもOSが認識できない場合があります。そのため、バックアップ元・先のメディアは、定期的にエラーチェックすることをお勧めします。