複数の「バックアップ設定」を登録し、「バックアップ先フォルダ」が他のバックアップ設定と重なっている場合にこの警告が出ます。
異なるバックアップ元から同じバックアップ先にファイルをコピーすると、同名ファイルがあった場合に上書きされてしまいます。
これを避けるためにBunBackupでは、バックアップ先フォルダが同じになっている場合は、このメッセージを出してバックアップを中断します。

サイレントバックアップ(自動バックアップなど)の場合このメッセージは表示されませんが、ログを記録していると、「ログ表示」で「バックアップ先フォルダが重なっています」というメッセージを確認することができます。