「ファイル」メニューに表示される開いた（または保存した）設定ファイルの履歴を「ファイル履歴」と言います。
ファイル履歴は直接編集することはできません。

なお、すでに存在しない設定ファイルをファイル履歴で選択した場合は、削除してよいかの確認のメッセージを表示しますので、ここで削除を選択しますと、ファイル履歴から削除できます。

ファイル履歴は個別の編集はできませんが、一旦すべてのファイル履歴を削除することは可能です。
「設定」メニューの「機能表示設定」で「ファイル履歴」をチェックしてください。
「環境設定」で「ファイル履歴」タブを表示します。
「ファイル履歴のクリア」ですべての履歴を削除してください。
あとは、設定ファイルを開いたり保存したりすることでファイル履歴が設定されます。

決まった設定ファイルを使っているのであれば、「ファイル選択リスト」を使用することをお勧めします。
この機能を使用すると、設定ファイルを登録して、ワンタッチで切り替えることができます。