「バックアップ設定」-「バックアップ詳細設定」の「バックアップ方法」タブにある、「ミラーリングする」をチェックしてください。

「高速ファイルチェック」機能を使用している場合は、速度優先のためフォルダのみ（空フォルダ）のミラーリングは行われません。（ファイルのミラーリングは行われます）
この場合は、「高速ファイルチェック」機能をはずしてください。