高速ファイルチェック機能を使用した場合、速度優先のためフォルダのみのミラーリングは行われません。（ファイルのミラーリングは行われます）
そのため、バックアップ元で削除されたフォルダは、バックアップ先では空フォルダとなります。

バックアップ先に空フォルダが残らないようにしたい場合は、高速ファイルチェック機能をオフにしてください。