「高速ファイルチェック」機能を使用していてミラーリングしている場合、フォルダのミラーリングは行われません
高速ファイルチェックでは、バックアップ先のフォルダ情報を持っていないため、バックアップ元で削除されたフォルダをミラーリングでは削除されません
この場合は、BunBackupユーティリティーを使用して、バックアップ先の空フォルダを削除してください
なお、高速ファイルチェックを使用しない場合は、バックアップ元のフォルダを削除すると、ミラーリングによってバックアップ先のフォルダも削除されます