ファイル数については、Windowsが使えるメモリに依存します
ソフト的に特に制限を設けていませんが、ファイル数が極端に多い場合は、メモリ不足によりバックアップできない場合があります

コピーできる一つのファイルの最大サイズは、ドライブのファイルシステムに依存します
FATは2Gバイトまで、FAT32は4Gバイトまで、NTFSは2Tバイトまでとなります