基本的にはどちらを利用していただいてもかまいません。
バックアップ間隔が短い場合は、BunBackup側の自動バックアップ機能を利用することをお勧めします。
バックアップ間隔が数時間以上あるのであれば、BunBackupを常駐させる必要のないタスクを利用することをお勧めします。

また、複雑な自動バックアップの設定をしたい場合は、タスクを利用してください。BunBackupの自動バックアップは誰でも使用できるようにできるだけシンプルな設定項目にしています。

バックアップ入門−タスクを利用したバックアップの設定方法