バックアップ対象となるファイル数が多い場合は、バックアップに時間がかかります。時間を短縮するためには、状況によりいくつかの方法があります。

バックアップ先のアクセス速度が遅い場合は、「高速ファイルチェック」機能が有効です。

また、費用はかかりますが、バックアップ先を外付けのHDDにするなどアクセス速度の速いものにするのも一つの方法です。

バッ クアップ対象となるファイル数が非常に多い場合は、メモリが不足しメモリスワップが発生することがあります。
この場合は、HDDをメモリ代わりに使用する ため、動作が非常に遅くなります。
このような場合は、「省メモリバックアップ」を実行してください。
また、費用はかかりますが、メモリを増設するのも一つの方法です。

Windowsの環境によっては、階層が深くなると極端にアクセス速度が遅くなる場合があります。
階層の深いフォルダをマイコンピュータなどから開いてみて、時間がかかるようであれば、フォルダの階層を見直すことをお勧めします

バックアップ入門の「短時間でバックアップする」も参照してください。